Големите данни на ниво население разкриват фенотиповете на COVID-19

Скорошно проучване, публикувано в The Lancet Digital Health списание оцени траекториите на инфекция с тежък остър респираторен синдром с коронавирус 2 (SARS-CoV-2) в Англия, използвайки електронни здравни досиета (EHR).

Проучвания: Траектории на COVID-19 сред 57 милиона възрастни в Англия: кохортно проучване, използващо електронни здравни досиета. Кредит на изображението: whiteMocca / Shutterstock

Заден план

Мерките за смекчаване на пандемията на SARS-CoV-2 разчитат на актуализирани оценки за траекториите, прогресията и началото на болестта CoV 2019 (COVID-19).

В настоящото проучване авторите изследват PubMed за документи, използващи термините за търсене SARS-CoV-2 или COVID-19, електронни здравни досиета или EHR и тежест, без езикови ограничения, от създаването на базата данни до 14 октомври 2021 г. Те откриха че няколко разследвания са оценили елементите, които влияят върху тежестта на инфекцията със SARS-CoV-2 и са прогнозирани резултати за хоспитализирани пациенти с COVID-19.

Въпреки това, повечето проучвания са се концентрирали върху изолирани аспекти на здравната система, като например само първична/вторична помощ, проведени са в субпопулации, например пациенти, приети в болница, имат малък размер на извадката и често са използвали дихотомизирани резултати, като напр. прием в болница или смъртност, които не отразяват целия спектър на заболяването. Освен това екипът не открива изследвания, които да оценяват задълбочено тежестта на инфекцията със SARS-CoV-2 по време на пандемичните вълни и по траектории на пациента и статус на ваксинация.

Относно изследването

В настоящото кохортно проучване учените са използвали разширяема рамка, за да опишат и валидират 10 характеристики на инфекция със SARS-CoV-2 от свързани с национално ниво EHR, за да разпознаят и характеризират траекториите на COVID-19. Те използваха осем взаимосвързани източника на данни от Националната здравна служба (NHS) за живи лица на 23 януари 2020 г. в Англия.

Тези бази данни свързват данни за лабораторен скрининг за COVID-19, първична помощ, хоспитализация (прием в интензивно отделение (ICU) и вентилационна поддръжка) и регистрирана смъртност. Информацията за ваксинация, тестване, първична/вторична помощ и регистрация на смърт срещу SARS-CoV-2 се събира до 30 ноември 2021 г.

Екипът описа 10 фенотипа на COVID-19, които показват клинично значими фази на тежест на заболяването и попадат в пет категории: SARS-CoV-2-положителен тест, хоспитализация, диагноза за първична медицинска помощ, стратегия за вентилация, състояща се от четири фенотипа, и смъртност, включваща три фенотипа. Те създадоха траектории на пациентите, които показват продължителността и честотата на преходите между фенотиповете. Статусът на ваксинация срещу COVID-19 и пандемичните вълни бяха използвани за стратифициране на анализите.

Трябва да се отбележи, че изследователите имаха за цел да създадат обновяема рамка, която може да възстанови траекториите на COVID-19 на индивид в различни състояния на тежест, предоставяйки решаваща представа за ефективността на дозите на бустер ваксината, ефекта на нови вирусни варианти, профилактиката след експозиция и нововъзникващите възможности за лечение, използващи свързване на данни.

Констатации

Резултатите от проучването илюстрират, че в настоящата кохорта от 57 032 174 души са открити 13 990 423 инцидента с COVID-19 при 7 244 925 души, което води до процент на заразяване със SARS-CoV-2 от 12,7% през целия период на изследване. От 7 244 925 лица 460 737 души, т.е. 64%, са хоспитализирани, а 158 020 души, т.е. 2 · 2%, са починали. От 460 737 хоспитализирани лица, 48 847, т.е. 10 · 6%, изискват хоспитализация в интензивно отделение, 69 090, т.е. 15%, са получили неинвазивна вентилация, а 25 928, т.е. 5 · 6%, са получили инвазивна вентилация.

Смъртността е по-висока при първоначалната вълна от COVID-19 с 23 485, т.е. 30,4% от 77 202 пациенти със SARS-CoV-2, отколкото при втората пандемична вълна с 44 220 (23,1%) от 191 528 заразени с вирус лица при 384 135 пациенти, хоспитализирани. изискващи вентилация. Приетите в интензивно отделение пациенти, от друга страна, нямат разлика в смъртността.

Рамка, описваща десетте фенотипа на COVID-19 и категории на тежест, създадена с помощта на седем свързани източника на данни за оценка на разликата между вълните на COVID-19 и статуса на ваксинацияРамка, описваща десетте фенотипа на COVID-19 и категории на тежест, създадена с помощта на седем свързани източника на данни за оценка на разликата между вълните на COVID-19 и статуса на ваксинация

При първата пандемична вълна пациентите с COVID-19, които се нуждаят от вентилационна подкрепа извън интензивното отделение, са имали най-висок процент на смъртност, като 2569 или 50 · 7% от 5063 пациенти са починали. Освен това, 15 486, т.е. 9 · 8% от 158 020 смъртни случаи, свързани с COVID-19, са настъпили в рамките на 28 дни от първоначалното събитие на COVID-19 без диагноза инфекция SARS-CoV-2 в смъртния акт. Освен това, 10 884, т.е. 6 · 9% от 158 020 смъртни случаи, са разпознати от данните за смъртта, без предшестваща фенотипна информация за COVID-19. Авторите отбелязват, че втората вълна на пандемията COVID-19 е имала по-дълга траектория на пациентите от първата вълна.

Мрежи за траектории на COVID-19, Размерът на кръговете представлява броя на индивидите с това събитие спрямо общата популация на изследването.  Числата върху стрелките показват дела на индивидите, които са преминали към всеки фенотип (спрямо броя на индивидите в тази вълна на COVID-19).  Числата в квадратни скоби показват средния брой дни между събитията за всички лица с този преход.  Средните дни между индивиди, които не са били засегнати (т.е. няма записан фенотип на COVID-19) и други фенотипове на тежест не са показани, тъй като не са били пряко сравними между вълните, поради разликата в дължината на двата периода.  Дебелите стрелки представляват преходи, настъпили при 0 · 1% от индивидите или повече.  Тънките черни стрелки представляват преходи, настъпили при 0 · 01% индивиди или повече.  Всички преходи, настъпили при по-малко от 0 · 01% от индивидите, не са показани.  Всички включени лица са били живи и не са имали предишни събития от COVID-19, записани преди началната дата на посочените вълни.

Мрежи за траектории на COVID-19, Размерът на кръговете представлява броя на индивидите с това събитие спрямо общата популация на изследването. Числата върху стрелките показват дела на индивидите, които са преминали към всеки фенотип (спрямо броя на индивидите в тази вълна на COVID-19). Числата в квадратни скоби показват средния брой дни между събитията за всички лица с този преход. Средните дни между индивиди, които не са били засегнати (т.е. няма записан фенотип на COVID-19) и други фенотипове на тежест не са показани, тъй като не са били пряко сравними между вълните, поради разликата в дължината на двата периода. Дебелите стрелки представляват преходи, настъпили при 0 · 1% от индивидите или повече. Тънките черни стрелки представляват преходи, настъпили при 0 · 01% индивиди или повече. Всички преходи, настъпили при по-малко от 0 · 01% от индивидите, не са показани. Всички включени лица са били живи и не са имали предишни събития от COVID-19, записани преди началната дата на посочените вълни.

Заключения

Според авторите това е първото изследване, което използва национални данни, за да предостави задълбочен преглед на COVID-19 по време на пандемичните вълни, като набляга на ваксинацията, траекторията на пациентите и тежестта. Екипът документира честотата на съпътстващите заболявания, ключовите демографски променливи, последиците от двете големи вълни SARS-CoV-2 в Англия и въздействието на ваксинацията върху тежестта на COVID-19 върху над 57 милиона лица, регистрирани при общопрактикуващ лекар и живи в Англия, използваща информация от свързани EHR на национално ниво.

Изследователите също така идентифицираха и дефинираха траектории на пациентите, които изобразяват основните пътища за преход за пациенти с COVID-19 в здравната система. Те също така предлагат методи за фенотипиране на COVID-19, които са възпроизводими и изобразяват клинично значими фази на тежестта на заболяването, като диагноза за първична медицинска помощ, положителен тест, хоспитализация, смърт и вентилационна подкрепа.

Като цяло настоящите анализи разкриват широк спектър от траектории на COVID-19, както се вижда от различията в преживяемостта, заболеваемостта и клиничните курсове. Използвайки няколко източника на EHR, екипът създаде модулна аналитична структура, която може да проследи въздействието на пандемията SARS-CoV-2 и да установи доказателства от клинично и политическо значение.

.

Leave a Comment